副溶血弧菌感染的文昌鱼的转录组分析用户文
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研究背景
miRNA是一类内源性非编码小RNA，通过调节转录后水平的靶基因的表达而参与不同生物过程。文昌鱼作为古代脊索动物谱系的幸存者，是比较基因组研究的模式生物。然而，调节文昌鱼中免疫应答相关的miRNA在很大程度上尚不清楚。
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研究目的
本研究利用miRNA芯片技术对副溶血弧菌感染的文昌鱼样品进行了深度测序，研究参与调节文昌鱼免疫应答相关的miRNA。
取材：感染副溶血弧菌感染的文昌鱼及其对照组各三个样本（6h、12h和24h）
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研究内容
本研究确定了个新的文昌鱼miRNA，包含12个保守的miRNAs、33个候选星形miRNAs和个潜在的文昌鱼特异性miRNAs。利用miRNA芯片对miRNA进行分析后发现，14个miRNA在感染副溶血弧菌后差异表达，表明它们是参与免疫调节相关的miRNA。8个miRNA（bbe-miR-92a-3p，bbe-miR-92c-3p，bbe-miR--5p，bbe-miR-22-3p，bbe-miR-1?bbe-miR-和bbe-miR-?bbe-miR-簇）在感染12小时后表达量显著增加，而bbe-miR--5p在6h和12h表达下调。qRT-PCR结果证实三种miRNAs，bbe-miR-1-3p，bbe-miR-22-3p和bbe-miR-92a-3p参与了免疫应答。本研究结果进一步阐明了miRNA在文昌鱼对细菌感染的先天免疫反应中起到重要调控作用。
图新miRNA与在miRBase21.0中注释的文昌鱼miRNA形成miRNA/*miRNA双链
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用户文章
JinP,etal.()Transcriptome-wideanalysisofmicroRNAsinBranchiostomabelcheriuponVibrioparahemolyticusinfection.DevelopmentalandComparativeImmunology.doi.org/10./j
本研究中的miRNA芯片服务由联川生物提供